Program Studi Pendidikan Sejarah Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) Universitas PGRI Yogyakarta (UPY) berdiri pada tanggal 11 Desember 1962 bersamaan dengan berdirinya IKIP PGRI Yogyakarta berdasarkan Surat Keterangan Terdaftar Depatermen Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Jakarta Nomor 44/B/Swt/P/62. Penyelenggaraan kuliah perdana dilaksanakan di gedung SGA Stelladuce Yogyakarta yang berada di kompleks Lapangan Trenggono Jalan Dr. Sutomo Yogyakarta. Pada tahun 1964 penyelenggaraan perkuliahan dipindahkan di SDN Ungaran 2 sampai tahun 1981. Selanjutnya pada tahun 1981 perkuliahan pindah ke kompleks SGPLB Negeri Yogyakarta dan SMP N 1 Kasihan.

Memasuki usia yang ke 18 tahun IKIP PGRI Yogyakarta memperoleh penetapan kembali mengenai statusnya. Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor. 029/0/1981 tanggal 22 Januari 1981 tentang Penetapan Kembali Status Terdaftar bagi Perguruan Tinggi Swasta/ Unit Perguruan Tinggi Swasta di Kopertis Wilayah IV yang menetapkan kembali status terdaftar bagi IKIP PGRI Yogyakarta yang meliputi :

1. Fakultas Ilmu Pendidikan Jurusan Teori Dan Sejarah Pendidikan
2. Fakultas Keguruan Ilmu Sosial, jurusan Ilmu Sejarah.

Dalam perkembangan nya, Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor : 042/O/1985 Jurusan Teori dan Sejarah Pendidikan mengalami perubahan nama menjadi jurusan Filsafat dan Sosiologi Pendidikan, sedangkan Jurusan Ilmu Sejarah berubah menjadi Jurusan Pendidikan Sejarah. Selanjutnya pada tahun 1987 perkuliahan telah bisa diselenggarakan di gedung milik sendiri di kawasan Sonosewu, Ngestiharjo, Kasihan Bantul DI Yogyakarta sampai sekarang. Setelah melalui perjalanan panjang dengan perjuangan dan keprihatinan dan dalam rangka pemenuhan tuntutan akan kebutuhan pembangunan, perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, serta memperhatikan prospek masa depan, IKIP PGRI Yogyakarta berubah bentuk menjadi Universitas PGRI Yogyakarta (UPY) sejak 25 Juni 1997.